Hasta 1697, ni los viajes de exploración ni los intentos por colonizar lograron establecer algún sitio permanente en la península. Esta situación obligó a la Corona española a prohibir nuevas solicitudes; empero, la orden de los jesuitas insistió en que se le concediera el permiso, situación que autorizó el Virrey con la condición de que los gastos de la empresa corrieran a cuenta de la orden misional.
El padre jesuita Eusebio Francisco Kino que participó en el establecimiento del sitio de San Bruno , se aferró a la idea de conquistar espiritualmente a los nativos de California. Esta intención se la comunicó al padre Juan María de Salvatierra. Después de innumerables gestiones ante las autoridades virreinales que se negaban a invertir en la colonización de California, por resultar incosteable se concedió el permiso con la condición de que los gastos de la empresa corrieran a cuenta de los Jesuitas.
Salvatierra obtuvo donativos importantes. Cuando todo estuvo listo llegó la noticia de que Kino no podría acompañarlos. En 1697 cruzaron el Golfo desde Sinaloa rumbo a San Bruno, pero la decepción fue mayor al encontrar solamente ruinas, indios belicosos y agua de mala calidad, por lo que decidieron trasladar el asentamiento un poco más al Sur.
El lugar recibió el nombre de Real de Loreto; base para nuevas exploraciones y puesto de socorro de nuevas comunidades misionales.