1683. Se instala en San Bruno, frente a Isla Coronado, la primera Misión Jesuita, misma que con el tiempo se reubicó a Loreto, un poco al Sur. El padre Francisco Eusebio Kino fundó la Misión y el Almirante Isidro Atondo y Antillón realizó exploraciones al Oeste de San Bruno, hacia el Océano Pacífico así como al Sur en la Bahía de San Dionisio.
Exploración y descubrimiento de los sitios de Comondú, La Purísima y San Gregorio por el padre Eusebio Kino.
1697. El azar decidió que se estableciera en Loreto, el 25 de octubre de 1697, la Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó. El padre Juan María de Salvatierra incorporó a su cuidado las rancherías de Bonó, Primer agua, Chuenque, San Bruno y San Juan Londó. Fue la base para la fundación de otras misiones y contó con varios edificios, incluso una fortaleza y cuartel para los soldados guarnecidos ahí. La epidemia de la peste de 1780 bajo la población.
1699. El padre Juan María de Salvatierra fundó la Visita de San Juan Londó. Sitio descubierto por el Almirante Isidro Atondo y Antillón el 1º. de dic. De 1683. La población disminuyó después de la epidemia de la peste siendo abandonada la capilla en 1745.
El jesuita Francisco María Píccolo descubrió el lugar conocido actualmente como San Javier. Inició la construcción de una capilla dedicada a Todos Santos el 1º. de Noviembre del mismo año pero debido a los ataques de los indios fue abandonada al año siguiente. En 1701 el Padre Juan de Ugarte reestableció la Misión misma que lleva el nombre de San Francisco Javier Vigge Biaundó. La iglesia se comenzó a construir en 1744. La epidemia de la peste diezmo la población y fue abandonada en 1817.
1701. El padre Juan María de Salvatierra, a su regreso de un viaje al río Yaqui en Sonora, exploró la zona donde 4 años después se fundó la misión de Santa Rosalía de Mulegé, este último nombre se debe a que los nativos le llamaban Caaman Cagaleja que significa "río entre dos rocas".
Llega a Loreto el padre Procurador Juan Bautista Luyando y Juan de Ugarte, convirtiéndose en el mejor auxiliar del padre Salvatierra en la obra evangelizadora de California y, posteriormente, en su sucesor.
1704. Salvatierra fue designado Padre Superior Provincial de la orden jesuita en México. A través de ese cargo, promovió ante el Fondo Piadoso de las Californias se apoyara la obra misional en la península.
1705. El padre Pedro de Ugarte fundó la misión de San Juan Bautista Malibat Ligüí.La epidemia de la peste diezmo la población y la salud de Ugarte.En 1721 fue abandonada por la hostilidad de los indios, la decadencia de la población y escasez de agua.
1705. Fundación de la Santa Rosalía de Mulegé por el misionero jesuita Juan de Basaldúa. Se inició en el arroyo Mulegé el cultivo de dátiles, uvas y algodón. Abandonada en 1828 a raìz de la disminución de la población por las epidemias de 1708,1723 y 1729 ademàs de la inundación de 1771.
1707. Regresó a Loreto el padre Salvatierra, después de servir como Provincial de los jesuitas en México.
1708. La Misiòn de San José de Comondú fue fundada por los padres jesuítas, Juan María de Salvatierra, Juan Ugarte y Julián de Mayorga, habiéndose iniciado la construcción del templo por el padre austríaco Frans Inamma en 1750. Sin embargo, para el año de 1827, fue abandonada por falta de población.
1720. Se funda la Misión de la Purísima Concepción (Cadegomó), por el padre Nicolás Tamaral, mismo que introdujo el cultivo de trigo, maíz, frijol, garbanzo, granadas, higos, uvas y algodón por medio de canales de riego en el arroyo La Purísima. De 2000 indígenas que había en 1730 se redujeron a 54 en 1800, pasadas las epidemias.
Ante la necesidad de apoyar el abastecimiento de las misiones desde Sinaloa, y ampliar las exploraciones en la península, el padre Juan de Ugarte supervisó la tala de árboles de Güéribo al Norte de San Javier, para la construcción del primer barco en California, llamado El Triunfo de la Santa Cruz, que fue botado cerca de Mulegé el 16 de Julio de 1720.
El 13 de noviembre de 1720 a bordo de El Triunfo de la Cruz, los padres Juan Ugarte y Jaime Bravo escogieron el sitio para establecer la Misión de Nuestra Señora de La Paz Airapí que fue fundada el 3 de diciembre del mismo año. El desarrollo de la misión se vio entorpecido por la hostilidad general de los indígenas en 1734 razón por la que fue abandonada en 1735. Al año siguiente fue reestablecida pero las epidemias redujeron la población teniendo que abandonarse en 1749.
El 12 de diciembre de 1720 se fundó la Misión de Nuestra Señora Guadalupe de Huasinapí, por el padre Everard Hellen, En 1722 la plaga de cigarras y la epidemia de disentería causaron grandes estragos en la población, su abandono se debió a la escasa población indígena misma que fue trasladada a la Misión de La Purísima.
1721. En agosto de 1721 el padre Clemente Guillén fundó la Misión Nuestra Señora de los Dolores del Sur Chillá, en la costa del Golfo. Aunque mantuvo una alta población indígena calculada de 350 en 1745 a 450 en 1768, el Visitador General José Gálvez ordenó su abandono permanente en 1768.
El sitio de la Misión Santiago de Los Coras fue determinado inicialmente en la costa del Golfo, por el Padre María Nápoli, el 10 de agosto de 1721, cambiado en dos ocasiones para quedar definitivamente en 1724 establecida. La hostilidad de los indios retardó el desarrollo de la misión y la rebelión general de 1734 causó la destrucción de la misma y el martirio del Padre Carranco el 1º de octubre de ese año. Reconstruída por el padre Nápoli en 1736 continuó en un estado de decadencia debido a las epidemias así como al alto índice de sífilis entre los indígenas.
1728. Los padres Juan Bautista Luyando y Sebastián de Sistiaga fundan la Misión de San Ignacio Kadakaamán el 20 de enero de 1728. Misma que había dotado el primero en 1724. Por medio de canales de riego se introdujo el cultivo de higo, trigo, uvas, dàtiles y granadas.La epidemia de la peste en 1729 y las inundaciones de 1750,1761 y 1770 causaron estragos entre la población.
1730. Se funda la Misión Estero de las Palmas de San José del Cabo Añuití por el padre Nicolás Tamaral en julio de 1730. En mayo de 1769 las epidemia de fiebre causó la muerte de la mayoría de los naturales asì como del padre Fray Juan Morán.En 1799 las inundaciones destruyeron la Misión, siendo reconstruída en 1799. La población indígena disminuyó a causa de ataques y epidemias. Abandonada por falta de personal en 1840.
1733. El sitio de Santa Rosa de las Palmas (Todos Santos) fue establecido originalmente como una visita de la Misión de Nuestra Señora del Pilar de La Paz, en 1723, por el padre Jaime Bravo; en 1733 fue elevada a categoría de Misión bajo el padre Tamaral. La rebelión general de 1734 forzó al padre Tamaral a abandonar la Misión. La población disminuyó por ataques de rancherías hostiles y epidemias. Fue abrigo de iniciados en la fe de otras misiones hasta que decayó en 1840.
1734. La rebelión general de indígenas causó el martirio del padre Tamaral.
1740. San Luis Gonzaga Chiriyaqui, lugar establecido como una visita por el padre Clemente Guillén en 1721, fue convertido en misión en 1740 por el padre Lambert Hostell, Se inició la construcciòn de canales de riego de piedra para cultivar higos, uvas, dàtiles y azúcar.La regiòn colindante, la Misiòn y su población indígena fueron sujetas a un estudio escrito por el padre Baegert mismo que fue publicado en Mannheim, Alemania en 1773.
1767. Por orden del Rey Carlos III de España, los misioneros jesuitas fueron obligados a abandonar California y la Nueva España, debido a las acusaciones de riqueza, poder político excesivo, negociaciones contrabando y el mal trato a los indígenas.
1768. Concluye una etapa misional de 70 años, al partir hacia la Nueva España, el 3 de febrero, la nave Purísima Concepción, con los 16 misioneros de La Compañía de Jesús expulsados de California al viejo continente. Consumada la expulsión, el virrey Marqués de Croix, de acuerdo con el visitador José Gálvez, confía las misiones a los religiosos franciscanos.
1769. En su carácter de Visitador General, don José de Gálvez expidió el decreto: La instrucción para el restablecimiento, formación y ornato público del pueblo y Misión primitiva de Loreto, representando el antecedente más remoto, para la organización del desarrollo urbano de una población en Sudcalifornia.
El visitador Gálvez, dicta disposiciones que benefician a los indígenas de Loreto, al fundar un colegio para la formación de buenos marinos y pescadores capaces.
Las Californias se dividen en Vieja California y Nueva California, después conocidas como Baja California y Alta California, respectivamente.
1773. Bajo la autoridad del padre fray Vicente Mora, arribaron en octubre diez frailes dominicos, sustituyendo a fray Francisco Palóu y a los misioneros franciscanos, que habían permanecido en Loreto 5 años y que fueron enviados a la Alta California.
1777. Por disposiciones de la corona española, Loreto deja de ser depositaria de los poderes del virreinato y capital de las Californias, categoría que tuvo por 79 años, trasladándose a Monterrey, Alta California.
1804. Con la separación de las Californias, Loreto fue designada de nuevo capital, pero únicamente de la Baja California y se nombró como Gobernador al capitán Felipe de Goicochea.
1814. A la muerte del capitán Felipe de Goicochea, se designó al último Gobernador colonial de California: el capitán José Darío Argüello, quien concluye la Etapa Colonial hasta 1822.
1822. El 25 de febrero de ese año, en San Antonio se juró el Acta de Independencia y luego en otras localidades importantes. En Loreto se convocó a elecciones el 2 de julio contituyéndose el primer Ayuntamiento de la época independiente.
